SSI が動作しないのは少々きびしいですね。。。SSI が動作しない場合、JavaScript でインデックスなどを埋め込みます。
ただ SSI が動作しないことが、/cgi/setup/start.cgi がエラーを返す理由にはならないと思います。
念のため、/cgi/setup/start.cgi のパーミッションが動作可能なものになっているかどうか確認してください。
/cgi/servercheck.cgi は動作しますでしょうか。もし動作するのでしたら、ライブラリの位置を見失っているものと思われます。もう一度位置関係を確認してください。
また、KCatch.pm というデバッグスクリプトを利用して、エラーログを表示できるかどうかお試し下さい。
英語で表示されるエラー情報をこちらにコピーしていただけると問題解決のヒントになります。