ありがとうございます。私の説明不足でした。
例えば色々な編集作業を得た後【ナビゲーション書き出し】などで結果を反映させようと思った際、ブランクになっていたハズの【タブ色】の欄に『指定してもいないタブ色』が入っていることが何度かありました(そのまま書き出しを行うと意図しない変更になってしまうので書き出しが行えない)
そのため何度かスキャンしたのですが、そうすると今度は使ってもいない《リンク》にチェックが入っていたり、今度は逆に使用中のフォルダのチェックが外れてしまう事象が何度か連続で発生しました。
ですのでその都度タブ色や使用するフォルダのチェックを修正し直して、書き出しを行っていました。
理由は不明なのですが、とりあえずご報告までと思いましたので質問という形で書かせていただきました。いまは当現象は発生しておらず問題ないようです。また同様の現象が発生したら、詳しい状況と共にご報告させていただこうかと思います。