ご不便おかけしております。
大量のファイルが作成される可能性があるフォルダは下記の通りです。ただし、通常は自動的に削除されます。FTPソフトでファイル数を確認して、その数がそれほど多くない場合は、原因は下記フォルダではない可能性が高いです。
これらのフォルダの中身は一時保存ファイルやログイン情報ですので、全て削除しても問題ありません(必要なものは再作成されます)。
また記事やデータを含むサイトテンプレートを多数作成すると、その分ファイル数が増えます。不必要なサイトテンプレートが多数ある場合はそれらを削除してみてください。
CMONOS.JP 以外のCGIやPHPを導入している場合は、それらの関連ファイルについてもご確認ください。
以上参考になりましたら幸いです。
※どうしても原因フォルダがわからない場合は、念のためサーバ会社のサポートに「ファイル数が異常に増えているようだが、原因となっているディレクトリがわからない。もしそちらでわかるようなら原因となっているディレクトリを教えてほしい。」旨、相談してみてください。案外調べてもらえます。
※もしCMONOS.JPの不具合に起因する場合は、すぐに修正いたしますので、ご連絡いただけましたら幸いです。