お勧めに従いまして、サーバー管理者に質問したところ、回答を頂きました。
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お問合せいただきました件に関しまして
お客様のサーバー上のデータを確認いたしましたところ
ファイル数の上限を超えている状態でございました。
■お客様のサーバー上にアップロードされているファイル数
1,226,267 / 300,000
ロリポップ!では、「2018年7月18日」より
順次プランごとでご利用いただけるファイル数の上限を設定させていただきました。
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正直困ってしまいました。。
空き容量が48,052 MB ( 46.9 GB ) もあるのに、ファイル数の制限を926267も上回っているということのようです。。
とりあえず、確実にいらないと思われるファイルとフォルダを削除しまくってみたのですが、ファイル数1,082,799(782,799超過)までしか減らせませんでした。
こうなるともはや新しいサーバーを探すしかないのかもしれませんが、できればそれも避けたいところです。
ですので、とりあえず削除しても支障がないもしくは不要ファイルが溜まっているかもしれないフォルダをお教え頂けますと幸いです。