経過のご報告ありがとうございます。
まずはじめに、問題を切り分けさせていただければと思います。
SSI は、CMONOS.JP の CGI の動作には影響しません。SSI は、CMONOS.JP が書き出す静的HTMLファイルが外部ファイルを表示するために利用されます。SSI の設定が原因となる不具合が出るとすれば、トップページなどを書き出した後となります。
エラーの原因は特定できないのですが、FTPでのアップロードについてひとつ気になる点がありました。
FTPでのアップロードはすべてバイナリモードでお願い致します。この点はマニュアルにも明記されておりませんでした。次回配布時に追記いたします。
アスキーモードとは具体的には、改行コードや文字コードを環境に合わせて変換するモードです。
そのためアスキーモードでは、CGI スクリプトの内容が予期せぬ場所で変換される場合があり、時折不具合を発生させます。CMONOS.JP のスクリプトファイルは、UNIX 系OSでの動作を前提に、あらかじめ改行コードおよび文字コードがLF・EUCとなっていますので、何も変換せずアップロードするバイナリモードをお使いください。
参考書等では CGI はアスキーモードでアップロードするよう書かれていることが多いようですが、特に日本語の混じったスクリプトではアスキーモードでアップロードすると不具合のもととなる場合があります。
サイト構成につきましては、1の場合は全てのCGIについてライブラリ呼び出しパス等を書き換えなければ動作しません。
2の場合は、env.pl の「最上層ディレクトリのパス」のみ、/hoge と書き換えるだけで、大丈夫です。
以上参考になれば幸いですm(_ _)m。
【追記】
[an error occurred while processing this directive]
は、SSI 埋め込みファイルがみつからないときなどに表示される SSI のエラーです。
通常のインストールとは異なる位置にトップページが存在する場合、必ずこのエラーが表示されます。
CMONOS.JP のインストール後 CMONOS.JP が正常に動作していれば、トップページを「最新のテンプレートを使う」チェックボックスにチェックを入れて保存することで、このエラーを解消することができます。
Re[3]:CMONOS.jpのenv.plの設定について