ナビメーカーのサイトスキャン

マニュアルを見ても少々理解出来ない箇所があったのでサイトスキャンについてお伺いいたします。

サイトスキャンとは今あるサイト構成を反映させて、フォルダ一覧を表示させるものではないのでしょうか??

例えば私のWEBの例で言えば、《トップページ》《ニュース》《カレンダー》《BBS》という構成ですが、この状態でサイトスキャンをかけると、フォルダ一覧に全く使用していない《リンク》にチェックが入っていたり、また使用中のCGIのチェックが外されたり、タブの色が勝手に変更されてしまいます。

サイトスキャンの使い方が間違っていますか??