ご質問ありがとうございます。
竹取JSにはスマホ判定の機能はありませんので、JavaScript でスマホかどうかを判定した上で、スマホでない場合のみ縦書き化を動かすようにするとよいのではないかと思います。
あるいは、段組縦書きを有効にしておくと、幅が足りない場合、折り返します。
最新の Safari/Chrome/IE はマルチカラムにも writing-mode にも対応していますから、最近は段組にしてもそれほど重くないです。
竹取JSのブックマークレットで、長いニュース記事を縦書き化して読んでいますが、割合快適に変換できます。古いIEやFirefoxでの縦書き化と比べるとスマホで縦書き化した方が軽いです。
以上参考になりましたら幸いです。