ご質問ありがとうございます。
カテゴリーリストをトップに書き込むとソーシャルブックマーク(?)が表示されない件ですが、症状を再現できませんでした。
こちらでテストしたのは、トップの本文にカテゴリーリストを埋め込む JavaScript を記述し、トップのサイドに「ソーシャルブックマーク」フィールドを配置したケースです。
本文中にカテゴリーリストの他、別の JavaScript を記述するテストもしましたが、特に問題はみられませんでした。
ただ、埋め込む JavaScript に含まれるタグによっては、なんらかの不具合を引き起こす可能性があります。もし記述した JavaScript についてご教示いただけましたら、問題解決のヒントとなるかもしれません。。。
(念のため script タグを閉じ忘れていないかなど、ご確認ください。)
公開数、非公開数がずれる問題についてはこちらでも確認いたしました。書き込み画面で公開非公開を設定すると、カテゴリーリストが設定前の状態で書き出され、新規レコードは常に公開状態としてカウントされてしまうようです。
いずれかのレコードを保存しなおすと、正しい数値に更新されますので、とりいそぎお試しください。
添付ファイルは修正版モジュールです。こちらを解凍してできた「Pending.pm」で「~/cgi-data/lib/CMONOS/TableMaker/Field/Pending.pm」を、差し替えると、カウント数のズレは発生しなくなります。もしよろしければ、現行ファイルをバックアップの上お試しくださいm(_ _)m。
以上参考になりましたら幸いです。