サイトを拝見しました。
アイキャッチがずれるというよりも、コンテンツエリアの幅が膨らんでいるようです。
原因はツイッターのバナー画像ではないかと思います。
default.css の130-131行目で、画像の幅がカラムを超えないよう max-width が指定されています。このため、IE以外では画像が適度に縮小され表示の崩れが防がれています。
しかし、IE6では max-width が効きませんので、画像本来のサイズで表示され、コンテンツエリアが膨らんでしまっているようです。
body.individual div#main div.section div.textBody div.object img,
div#utilities img {
width: auto !important;
height: auto !important;
max-width: 100% !important;
}
この問題を解決するには、ツイッターバナーの画像サイズを縮小して、カラムに収まるようにしてください。あと、右カラムの各セクションに不要な ul があるように思います。
フォントについては、どうおかしいのかわかりませんでした。。。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。