ご報告ありがとうございます。
セットアップアシスタント以外の CGI についてパーミッションが正しく設定されていないようです。
まず env.pl の設定が正しいかどうかご確認ください。
[67-69行目:パーミッション]
# パーミッション
$file_mode = 0644; # ファイルのパーミッション
$dir_mode = 0750; # ディレクトリのパーミッション
$cgi_file_mode = 0750; # CGI ファイルのパーミッション
おそらくファイルのパーミッションについても、0640または0644に変更した方がよいと思います。
次に、セットアップアシスタント(/cgi/setup/start.cgi)にアクセスします。
「パーミッション最適化」を開き FTP アカウントとパスワードを入力して「パーミッション最適化」を実行します。
以上作業が完了しましたら、おそらく全てのCGIが動作するものと思います。