cgi-dataの階層について

ロリポップのサーバを利用しているものですが、公開ディレクトリーの階層の上にFTPソフト等でアクセスできず、仕方なく公開ディレクトリーにcgi-dataフォルダーを置き、同じ階層に新たにWeb用のディレクトリーを作成し、その下にhtdocs以下のフォルダーを置き、インストールしました。パーミッション等は最適化はでき、ディフォルトでのcgiは利用できるのですが、新たにcgiをインストールして独自なページを作ろうとすると、エラーが出て、うまくいきません。どうも、cgi-data内のライブラリーを読み込んでいないと思われます。
　このような場合、どうすれば良いのかを教えていただければ幸いです。