ご質問ありがとうございます。
サイトを拝見しました。正常に変更が反映されているページと、そうでないページがあるようです。
ナビゲーションの変更が反映されていないページの環境設定「ページレイアウト」について下記を確認してください。
「ナビゲーションヘッダ」の「SSI を利用して埋め込む」オプションが無効の場合、次回書き込み時までナビゲーションの変更が反映されません。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。
〈追伸〉
デフォルトのサイトテンプレートをベースに、スタイルがかっこよくカスタマイズされていて、すごいと思います。前に拝見したときよりもさらに洗練されていて驚きました。弊社プロダクトを上手に使いこなしていただき、心より感謝いたしますm(_ _)m。