たいへんお困りのことと拝察いたします。これだという解決をご呈示できないのが残念です。
ナビゲーションに必要な CGI 一覧のデータは、"~/cgi-data/preferences/navimaker/navi_db" ファイルに格納されています。環境によって .db などの拡張子がつきます。.bak ファイルはバックアップファイルです。
また不具合が発生するようでしたら、バックアップを取ったうえで、一度この navi_db を削除し、「サイトスキャン」を行って一覧データを作り直してみてください。もしかすると、一覧データが壊れているのかも知れません。
他に考えられる原因としては、cgi フォルダの名前を変更して運用している場合発生する不具合です。cgi フォルダの名前を変更しているサイトに、標準で付属するサイトテンプレートを適用すると、cgi フォルダが新たに作成されてしまいます。
新旧二つの CGI フォルダが混在するために、CGI一覧データに不整合が発生し、さまざまな不具合を引き起こす可能性があります。CGIフォルダが複数作られている場合は、一方を削除してください。
また同様の問題が発生しましたら、どうぞご相談ください。今回は詳細なご報告ありがとうございました。