ご質問ありがとうございます。
CGIをアンインストールすると同種のCGIが共通して使用するツールアイコンが消えてしまった可能性があるとのことですが、現在のところ他にそうした現象は報告されていません…。また仕様としてもそうした動作は組み込まれていません。
原因としては、ファイル解凍時もしくはファイルアップロード時に、既に一部ファイルが欠損していたことが考えられます。
○インストールしなおして復旧する場合
FTPでアップロードする際、転送モードが「自動」あるいは「ASCII」となっていると、一部ファイルを壊してしまう場合がありますので、「バイナリモード」でアップロードした方が安全です。
またもしインストール時に設定するパーミッションの設定をデフォルトから変更している場合は、デフォルトの状態のままインストールしてください。状況が改善することがあります。
一度関連ファイルをすべて削除していただき、上記に注意した上でもう一度インストールされた方が、今後問題が出にくいのではないかと思います。
○画像のみ復旧したい場合
とりいそぎ画像のみ復旧したい場合は、フルセット版(全ファイル)をダウンロードしてファイルを解凍し、「home/htdocs/image」フォルダで、サーバ上の「~/image」フォルダを差し替えれば、画像はデフォルトの状態に復旧します。
ただこの作業を実行すると、画像ライブラリに追加した画像および「ホーム」にアップロードした画像などが消えてしまいますのでご注意ください。
また、「~/image」を手動で変更すると、既存画像ライブラリ設定ファイルおよび CSS と不整合が発生する可能性があります。「セットアップアシスタント」の「画像ライブラリ CSS 再構築」で「画像ライブラリ」について「CSSを再構築する」を実行してください。
以上参考になりましたら幸いです。