Re[2]:突然、HTTP500エラーが発生するようになりました。

ご報告ありがとうございます。旧環境に接続できない場合の手順を試されたという前提でお答えいたします。

1. ダウンロードしておいた「~/cgi-data/data」および「~/cgi-data/preferences」を元の場所にアップロードして、バックアップ→復元作業前の状態に戻してください。
2. この書き込みに添付したファイルをダウンロードし、ファイルを解凍します。
3. 解凍して出来たファイル「BackUp.pm」および「Restore.pm」を「~/cgi-data/lib/CMONOS/CGI_Lib/Tools」フォルダの中にアップロードして既存ファイルを上書きします。その際、あらかじめ既存の「BackUp.pm」および「Restore.pm」をダウンロードしてバックアップとしてください。
4. 「セットアップアシスタント」の「データベース・設定 のバックアップ」で「全てのデータ」「全ての初期設定」についてバックアップを作成します。
5. 上記が正常に完了したら、「セットアップアシスタント」の「データベース・設定 の復元」で「完全上書き」をチェックして「復元」します。

添付したモジュールはこれまでのバージョンと異なり、バックアップ時と復元時に制御文字を除去する処理を追加してあります。もし不具合が（DBが非互換なために発生した）制御文字の出力に関係している場合は、モジュールを入れ替えて作業することで、正常に戻せる可能性があります。ただ、文字化けなどが発生するかもしれません。

以上参考になりましたら幸いです。