ご報告ありがとうございます。前回お伝えした方法では解決しなかったとのことでご不便おかけしております。
以前弊社で Xserver の無料お試し期間を利用してインストールテストをした際にはご指摘の問題は発生しませんでした。また他のサーバでは今のところ同様の問題が報告されていません。
Filezilla と XServer の組み合わせに特有の問題という可能性もあります。たいへん申し訳ありませんが、弊社では原因が分からないため、Xserver 様もしくは Filezilla 開発チーム様にお問い合わせいただいた方が解決が早いかと思います。
以上よろしくお願いいたしますm(_ _)m。