ご質問ありがとうございます。
CMONOS.JP のデフォルトの XHTML の構造についてはこちらをご覧ください。
「CMONOS.JP マニュアル:CMONOS.JP 共通:CMONOS.JP の HTML/CSS カスタマイズ」
ちなみに、デフォルトのサイトテンプレートでは、何も設定を変更しなければ、「サブ | メイン」と並びます。「メイン | サブ」と並べたい場合は、ページレイアウトの「<body> class」に「ordinary」と設定して「保存」し記事を再構築します。
もし、「<body> class」に「ordinary」と設定してされている場合、これを削除して「保存」し記事を再構築すると、カラムの並び順が「サブ | メイン」となります。
なお、デフォルトの CSS では、id#content に .double は用意されていません。ただ、class 名に何も設定しない場合、2カラムとなります。
また、Vicuna CMS をお使いの場合は、Vicuna のサイトでカスタマイズ方法についてお調べください。
mt.Vicuna - Customize Index
HTML の各要素に適用されている CSS を分析するには、Firefox + Firebug や、Chrome のインスペクタが便利です。
もちろん、CSS をすべて削除して一から記述するのも手ですし、実際ウェブ制作案件ではそのようにされることが多いですが、それなりにたいへんです。書き込み欄の CSS なども消えてしまいますのでご注意ください。
以上、参考になりましたら幸いです。