ご質問ありがとうございます。
「カテゴリーあり」のデフォルトの設定として「コメント・トラックバックなし」を選ぶと、「総合インデックス」に「Recent Comments.」(新着コメント)と「Recent Trackbacks.」(新着トラックバック)が表示されなくなります。
カテゴリーごとの設定は、総合インデックスの設定とは無関係ですので、カテゴリー増設時に「初期設定のデフォルト」と「フィールド設定のデフォルト」にそれぞれ「コメント・トラックバックなし」の設定を選択します。
既に増設済みのカテゴリーでは、「データベース・設定の復元」で初期設定とフィールド設定について「コメント・トラックバックなし」の設定を選択し「復元」します。
たしかにわかりにくいですね。。。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。