ご質問ありがとうございます。
デフォルトの設定では、default.css の162行目あたりに、見出しのスタイルがまとめて設定されています。
/* 見出し */
h1, h2, h3 {
font-size: 110%;
}
h4, h5, h6 {
font-size: 100%;
}
h1 a:link, h2 a:link, h3 a:link, h4 a:link, h5 a:link, h6 a:link,
h1 a:visited, h2 a:visited, h3 a:visited, h4 a:visited, h5 a:visited, h6 a:visited {
color: #000000;
text-decoration: none;
}
ご指摘の部分
div#main h1, h1#pagetitle {
border: solid 1px #333;
background-color: #f9f9f9;
padding-left: 1em;
}
は、上記見出しの基本スタイルに加え、囲み線(border)をつけることを設定しています。見出しの文字色が変わらないのは、見出しの中にリンク(a)があるためだと思われます。
見出しの中にリンクがある場合(h1 a)について、文字色を設定すれば、狙い通りの表示になるのではないでしょうか。
以上参考になれば幸いです。